Die strukturelle Osteopathie überprüft mittels manueller Techniken alle Strukturen des Halteapparates. Sanfte Mobilisationstechniken und gegebenenfalls sogenannte Thrust-Techniken (high velocitiy low amplitude technics) stehen hier zur Verfügung. Da der Osteopath aber über ein großes Repertoire von alternativen Handgriffen verfügt, sind solche Techniken nicht zwingend, um einen therapeutischen Effekt zu erreichen.

Entstehungsmechanismen von Dysfunktionen dieser Strukturen:

• Belastung von Körperstrukturen (Gelenke, Muskeln, Sehnen, Bänder, Nerven) durch rasche unkontrollierte Bewegungen (im Extremfall Schleudertraumen) oder anhaltende statische Fehlbelastungen. 
• Langfristige Fehlbelastungen, verursacht durch vergangene Verletzungen am Bewegungsapparat, die auch schon Jahre bis Jahrzehnte zurückliegen können. Auch operative Maßnahmen verbessern oft nur die Belastungsspitzen. Daher sollten immer die Entstehungsmechanismen einer Verletzung behandelt werden, d. h. die Biege- und Scherkräfte, die vor der eigentlichen sichtbaren und diagnostizierten Verletzung auftreten, um Schmerzfreiheit zu erreichen. Mit berücksichtigt werden sollte auch immer das zentrale Nervensystem (Gehirn und Rückenmark), welches durch das Trauma auch in eine Art „Fehlstellung“ geraten kann und sich so Spannungen im Muskel-, Gelenk- und Bandsystem nicht mehr ursprünglich regulieren können.
• Erhöhte Spannung im Gewebe durch permanente Stressbelastungen (physisch und psychisch)
• Organische Beschwerden, die in eine Fehl- oder Schonhaltung zwingen

Dieser tiefgehende Teilbereich des osteopathischen Konzeptes befasst sich vorwiegend mit embryologischen Gestaltungsbewegungen aller Körperstrukturen. Diese Bewegungen laufen immer in der gleichen Weise ab und können durch verschiedene Umgebungsmuster, entweder vom Embryo selbst oder auch über die mütterliche Verbindung geprägt werden. Dies stellt in der Regel natürlich keine Pathologie dar, sondern kann Reaktionsmuster, z. B. des zentralen Nervensystems, des vegetativen Nervensystems oder des Gefäßsystems beeinflussen.

In der kraniosakralen Therapie kann man solche Reaktionslagen, solange sie funktionell sind, auch wieder in einen ausgeglichenen Zustand bringen, der die Systeme erneut in Ruhe und in Stress adäquat reagieren lassen kann.

Basis für diese Annäherungsweise ist der sogenannte kraniosakrale Rhythmus, eine an- und abschwellende Welle im Körper (einer Tide ähnlich, die wahrscheinlich von dem Liquor, dem Hirnwasser ausgelöst wird), die ein erfahrener Osteopath mit Übung spüren kann. Schwierig beim Spüren dieser Bewegung (kraniosakraler Rhythmus) ist, die Begleitpulsationen, wie Pulsschlag, Atmung und sonstige kleine Bewegungen des Körpers sensorisch auszufiltern, um eine klare Einschätzung von Amplitude und Frequenz dieser Welle treffen zu können. Bisher gibt es noch keine Geräte, die die Bewegung registrieren können. Es ist also immer noch eine empirische und nicht wissenschaftliche Therapieform.
Der Osteopath kann diesen Rhythmus von jeder Stelle des Körpers erfühlen, üblicherweise in einer bestimmten Handhaltung am Kopf. Das Einschätzen des Rhythmus kann einige Minuten dauern, und wird vom Patienten in der Regel nicht spürbar nachvollzogen. Manchmal wirkt dies für den Patienten etwas irritierend. Aber generell sind solche Annäherungsweisen nicht unangenehm, weil sie völlig unvoreingenommen ein Gewebe annehmen, so wie es ist. Grundsätzlich ist die Referenz für eine Behandlung immer die gesunde Struktur und nicht die Fixation auf die Symptome. Die Frage nach dem Woher der Symptome, wird immer im Kontext der ganzen Körpersysteme überprüft.

Die therapeutischen Referenzen bei dieser Art von Behandlung sind unter anderem embryologische Wachstumsachsen, wie die Chorda Dorsalis, eine embryologische Leitstruktur, aus der unter anderem auch die Wirbelsäule entsteht. Der Osteopath „spiegelt“ die embryologische Ursprünglichkeit dieser Achsen in Relation mit dem dysfunktionalen Gewebe und erreicht damit ein automatisches Ausbalancieren dieser Strukturen. Der Körper macht diese Korrektur allein und jedes Forcieren oder Manipulieren während eines solchen Prozesses vonseiten des Therapeuten würde diesen stören und die Korrektur verhindern. Dieser Prozess kann zum Teil bis zu einer Viertelstunde dauern.

Die embryologischen Achsen können durch verschiedene Faktoren „verletzt“ werden:

• Chronische physische Beschwerden. Diese wirken sich auch auf das zentrale Nervensystem aus und können so auch ein „Schmerzgedächtnis“ etablieren.
• Schleudertraumen
  Stürze auf Kopf, Rücken oder Gesäß
  Schockzustände, auch schon lange zurückliegend
• Schwere überstandene Erkrankungen mit Chemotherapie und Bestrahlung
• Psychische Traumen
• Mehrere Narkosen
• Operationen
• Eigene Geburt unter schwierigen Umständen